به دلیل این که تالاب قره قشلاق دارای ارزش های بسیاری هم از نظر ملی و هم از نظر بین المللی (یکی از ۱۰۵ منطقه موجود در لیست مناطق مهم پرندگان) می‌باشد برای حفاظت از آن در برابر آسیب‌ها و تهدید‌ها ساختار اداری و مدیریتی برای آن تعیین شده است که وظیفه حفاظت از تالاب و مهیا کردن محلی برای بهره‌برداری خردمندانه را بر عهده دارد. حفاظت از اکوسیستم تالاب و گونه‌های ارزشمند آن و هماهنگی برای بهره‌برداری از ارزش‌ها و کارکردهای تالاب از مسئولیت‌های اصلی ساختار اداری است. تالاب قره قشلاق در مدیریت اداره کل حفاظت محیط زیست استان آذربایجان شرقی و در سطح شهرستان، در مدیریت اداره محیط زیست شهرستان بناب قرار دارد. حفاظت از اکوسیستم تالاب، ترمیم اثرات سوء گذشته در محیط زیست آن و پیشگیری و ممانعت از تخریب و آلودگی تالاب از دیگر وظایف اداره کل و اداره شهرستان است. لازم به ذکر است که به دلیل قرار گرفتن این تالاب در مرز بین دو استان آذربایجان شرقی و غربی بسیاری از وظایف اداری توسط ادارات مربوطه هر دو استان صورت می گیرد.